1991 m. rugsėjo 17 d. Indonezija pripažino Lietuvą de jure.
1993 m. liepos 15 d. užmegzti diplomatiniai santykiai.
2002–2006 m. pirmasis Lietuvos ambasadorius Indonezijai buvo Dainius Ginutis Voveris (rezidavo Lietuvoje).
1993–1996 m. pirmoji Indonezijos ambasadorė Lietuvai buvo Ani Subijartani Santhoso (rezidavo Danijoje)